Stjórn Félagsvísindastofnunar er skipuð til þriggja ára. Í henni sitja deildarforsetar þeirra þriggja deilda sem stofnunin heyrir undir. Auk þess sitja í stjórninni þrír fulltrúar til viðbótar sem kjörnir eru af deildunum, tveir úr félags- og mannvísindadeild og einn úr stjórnmálafræðideild. Ef enginn kennari úr námsbraut deildar er fulltrúi í stjórn stofnunarinnar á námsbrautin rétt á að hafa áheyrnarfulltrúa á stjórnarfundum með málfrelsi og tillögurétt. Forstöðumaður Félagsvísindastofnunar skal sitja fundi stjórnar með tillögurétt, án atkvæðisréttar sem og einn fulltrúi starfsmanna.
Framkvæmdastjórn:
Guðbjörg Vilhjálmsdóttir, deildarforseti félags- og mannvísindadeildar
Baldur Þórhallsson, deildarforseti stjórnmálafræðideildar
Steinunn Hrafnsdóttir, deildarforseti félagsráðgjafardeildar
Fulltrúar námsbrauta félags- og mannvísindadeildar í stjórn:
Helgi Gunnlaugsson - félagsfræði
Sveinn Eggertsson - mannfræði
Guðbjörg Vilhjálmsdóttir - náms- og starfsráðgjöf
Terry Gunnell - þjóðfræði
Hanna Björg Sigurjónsdóttir - fötlunarfræði
Fulltrúi stjórnmálafræðideildar: Ómar Kristmundsson
Fulltrúi starfsmanna: Andrea G. Dofradóttir